Hlavní oltář
Obraz patronky kostela sv. Maří Magdalény je inspirován obrazem P. P. Rubense (malíř Josef Stern). Po stranách obrazu jsou sochy sv. apoštolů Petra a Pavla. Nad obrazem jsou tři plastiky: uprostřed Bůh Otec a po stranách sv. Dismas a sv. Peregrin (vše sochař Ondřej Schweigl). V současné době je oltářní obraz provizorně umístěn pod kůrem kostela.
Kazatelna s oltářem Bolestné Panny Marie
Na kazatelně jsou sochy Krista – Dobrého pastýře, pod ním čtyři postavy symbolizující čtyři tehdy známé světadíly (sochař Antonín Riga). Pod kazatelnou je Pieta – socha Panny Marie Bolestné (sochař Jakub Scherz), která je zároveň 13. zastavením křížové cesty.
Oltář Neposkvrněného početí Panny Marie
Pod sochou Panny Marie jsou obrazy sv. Jana Nepomuckého, sv. Václava a sv. Prokopa. Na bocích oltáře jsou nahoře sochy sv. Barbory s kalichem a věží a Naděje s kotvou, dole sochy sv. Jana Křtitele a jeho otce Zachariáše (sochař A. Riga).
Tři náhrobky zazděné ve stěnách kostela patří Janu Ignáci Schwolerovi z Liechtenau (+ 4. 3. 1664), hraběnce Františce Terezii z Lamberka (+ 14. 3. 1684) a Bedřichu z Lamberka (+ 28. 7. 1686). Všichni pravděpodobně obdarovali kostel a byli zde pohřbeni.
Oltář sv. Josefa
Uprostřed je obraz sv. Josefa (malíř J. Stern), velké sochy po bocích představují anděla strážného a archanděla Rafaela. Na spodním obrazu je obraz Svaté Rodiny (malíř Jan Kryštof Handke). Po bocích jsou sochy sv. Šebestiána a sv. Rocha, pod nimi ležící socha sv. Rozálie z Palerma, všichni patroni dobré smrti a ochránci proti moru.
Oltář sv. Kříže
Uprostřed je plastika Ukřižovaného ze 16. století (obraz v pozadí – malíř Josef Stern). Po stranách kříže jsou sochy Panny Marie a sv. apoštola Jana (sochař O. Schwiegl). V dolní části jsou dva obrazy Duše v očistci (malíř J. Stern).
Oltář sv. Jana Kapistránského
Ústřední obraz představuje sv. Jana Kapistránského, který v Brně založil františkánský klášter (malíř J. Stern). Po stranách jsou sochy sv. Bernardina Sienského a sv. Jana z Mathy. V dolní části je ikona Panny Marie, Matky ustavičné pomoci.
Oltář sv. Antonína Paduánského
Ústřední obraz představuje sv. Antonína Paduánského s Ježíškem (malíř František Antonín Palko). Sochy po stranách představují františkány sv. Petra Aureolu a sv. Iva Bretaňského (sochař J. Scherz). Ve spodní části je kopie sošky Pražského Jezulátka.
Oltář sv. Františka z Assisi
Ústřední obraz představuje sv. Františka z Assisi, zakladatele řádu františkánů, kteří kostel sv. Maří Magdalény vybudovali (malíř J. Stern). Po stranách jsou sochy sv. Bonaventury a sv. Ludvíka z Toulouse, sv. Alžběty Durynské a sv. Kláry. Menší obraz uprostřed představuje sv. Petra Juliána Eymarda, zakladatele kongregace eucharistiánů, kteří v kostele působili v první polovině 20. století. Oválné obrazy představují sv. Terezii Velikou a sv. Markétu z Kortony (malíř J. Stern).
Oltář Nejsvětějšího Srdce Páně
Socha uprostřed představuje Nejsvětější Srdce Ježíšovo. Sousoší v horní části oltáře představuje Boha Otce, pod ním je socha archanděla Michaela (sochař J. Scherz). Ve spodní části je socha představující mrtvého Ježíše v hrobě, je to zároveň 14. zastavení křížové cesty.
Kostel sv. Maří Magdalény v Brně není v současné době v ideálním stavu. Někdo jej nazval „zraněným kostelem“. Mnozí návštěvníci se ptají: „Kdy už bude kostel opraven?“ Na tuto otázku neumím odpovědět, protože je s ní spojeno mnoho neznámého.
Myslím, že je dobré vnímat tuto situaci jako znamení. Zraněný kostel nám připomíná, že žijeme ve zraněném světě. Zraněné jsou mnohé naše vztahy. A především zraněná jsou naše srdce. Asi je snadnější opravit kostel než uzdravit svět, naše vztahy a naše srdce.
Kostel sv. Maří Magdalény žije. Sice v omezeném rozsahu, ale žije. U svatostánku hoří věčné světlo, které připomíná Boží přítomnost na tomto místě. Na oltáři se pravidelně slaví bohoslužby. V kostele je pravidelně hlásáno evangelium, schází se zde společenství Božího lidu. A nad oltářem, uprostřed dřevěné podpěry klenby, je ikona Spasitele, Pána celého světa.
I zraněný kostel žije. A dokud bude zraněný, může nám připomínat, že nemusíme jen naříkat, ale můžeme se i pokusit přispět k uzdravování světa, vztahů i srdcí, třeba v duchu známé modlitby: „Bože, ať změníme, co můžeme a máme změnit, ať přijmeme, co nemůžeme nebo nemáme změnit, a ať moudře rozlišíme jedno od druhého.“
Kéž ani přes různá zranění neztrácíme naději.