Na první pohled si v kostele každý všimne ústředního obrazu na hlavním oltáři. Jde o kopii známého Rubensova obrazu jehož autorem je Josef Rotter. Na výjevu je znázorněná patronka kostela, svatá Maří Magdalena jak líbá nohy Ježíše Krista a umývá mu je slzami. Žena přichází prosit za odpuštění Boha, kterého poznává v Ježíši Kristu. Ježíš na její lítost odpovídá slovy: „Jsou ti odpuštěny hříchy. Tvá víra tě zachránila, jdi v pokoji!“
Po pravé straně oltářního obrazu vidíme sochu apoštola Petra, jak drží v pravé ruce klíče (od nebeského království) a vzhlíží k Bohu. Také on zklamal, a zapřel Ježíše, ale pak litoval a obrátil se znovu k Ježíši.
Po levé straně můžeme spatřit apoštola Pavla, jak drží v levé ruce meč symbolizující Boží slovo a v pravé ruce symbolicky jeden z listů, který psal křesťanské obci, kterou založil. Svatý Pavel měl v životě mnoho čeho litovat, když násilně zakročoval proti křesťanům, ale pak se s lítostí obrátil a začal horlivě šířit křesťanství.
Nad obrazem je plastikou zobrazený nebeský Otec, který shlíží na dítě po pravé straně, které k němu volá. Dítě vztahuje ruce a úpěnlivě se modlí o pomoc tak že i anděl nad ním na ně upozorňuje. Bůh Otec není netečný k bídě a utrpení lidí, ale sklání se k nim. Sestupuje k nim ve svém Synu. Na hlavním obraze, hned pod plastikou Ježíš Kristus, Boží Syn, se přibližuje na dosah trpícímu člověku – Maří Magdaleně.
Zespoda se k obrazu připojuje zlatá skříňka svatostánku, ve které je Bůh, Ježíš Kristus, přítomen, vidí a slyší naše slzy, volání, modlitby a díky. Nad svatostánkem se tyčí před obrazem kříž. Smrtí na kříži Bůh sestoupil i do nejzazší bídy lidí, aby ji nesl spolu s námi a dal nám východisko – záchranu, věčný život. Pod postavou Otce si můžeme všimnout ještě jedné osoby, která zasahuje spodní částí těla pod obrubu a v rukou něco pozvedá k Otci. Je tak znázorněná božská Osoba Ducha Svatého, jak pozvedá srdce modlících se lidí k Bohu Otci. Dítě na pravé straně vzdává díky Otci za vyslyšení.
Po pravé straně plastiky Boha Otce se nachází socha „dobrého lotra“ (sv. Dismas). Ten, který si odpykával trest ukřižování vedle Pána Ježíše projevil lítost, uznal svoji vinu a poprosil Ježíše, aby mu dal vejít do nebeského království. Ježíš mu to slíbil, že ještě dnes bude s ním v nebi.
Po levé straně můžeme vidět sochu svatého Pelegrina. Narodil se kolem roku 1265 v Itálii. Jako mladý ve své bouřlivosti uhodil do tváře kněze, který chtěl smířit spory o moc v jejich městě. Když mu kněz bez zášti nabídl druhou tvář, Peregrin před něj poklekl a prosil o prominutí. Následně změnil svůj život a dal se do služeb Bohu a lidem.
Po levé straně oltáře se nachází kazatelna. Na jejím vrcholu je znázorněný Ježíš Kristus, jako dobrý pastýř, který nese ztracenou ovečku zpět domů, do domu nebeského Otce. Čtyři postavy pod ním symbolizují čtyři tehdy známé světadíly. Z celého světa Kristus volá do církve lidi, aby jim byl dobrým pastýřem. Aby je chránil a vedl bezpečně k nebi.
Na kazatelně vidíme plastiku pelikána, který vlastní krví živí svá mláďata, aby přežila v době hladu. Ten je znamením Ježíše Krista, který nás v Nejsvětější Svátosti živí svým tělem, abychom měli věčný život. Pod kazatelnou je umístěna socha Panny Marie (pieta), která drží v náručí Ježíše sňatého z kříže. Může upoutat realistickým výrazem tváře a kanoucími slzami. Připojuje se tím k Ježíšovu utrpení pro naši záchranu.
Naproti kazatelny můžeme spatřit oltář se sochou Nejsvětějšího Srdce Ježíšova. Znázornění Ježíše ukazujícího na své srdce
se váže se ke zjevení ve Francii v 17. století. Odkazuje na Ježíšovu lásku. Neváhal jít pro nás na smrt. Volá po opětování láskou našeho srdce. Ve spodní části oltáře je znázorněno Ježíšovo mrtvé tělo ležící v hrobě, očekávající vzkříšení třetího dne.
Nad oltářem je umístěno sousoší posledního soudu. Nahoře Bůh se zeměkoulí jako vševědoucí a spravedlivý soudce. Pod ním archanděl Michael s váhami – symbolem soudu – vážení skutků lidí. Na štítě má napsáno latinsky: „Kdo jako Bůh.“ Každý člověk touží po spravedlnosti, aby bylo zlo odstraněno a zvítězilo dobro. Bůh je milosrdný pastýř (na protějším oltáři) a zároveň bude jednou spravedlivě soudit skutky i myšlenky každého z nás. V litaniích voláme: „Srdce Ježíšovo, v němž přebývá Boží spravedlnost a slitování, smiluj se nad námi!“
Obraz sv. Floriána, patrona hasičů, je umístěn vpředu vpravo nad vchodem do sakristie. Obraz sv. Václava, patrona České země, jak se modlí k Panně Marii se nachází vlevo nad vchodem zpovědní místnosti.
Vlevo od kazatelny můžeme vidět oltář Panny Marie, Neposkvrněné. Maria stojí nohama na zemi a drtí patou hlavu hada, ďábla, který ohrožuje zemi. Pod sochou Panny Marie je umístěný obraz sv. Jana Nepomuckého. Vespod pod anděly obrazy vlevo sv. Václava a vpravo sv. Prokopa, jak drží na řetěze ďábla. Vlevo dole je postavena socha sv. Jana Křtitele, ukazujícího na Beránka a vpravo socha jeho otce sv. Zachariáše s nápisem: „Jeho jméno je Jan.“ Vpravo nahoře sv. Barbora s kalichem a vlevo sv. Kateřina Alexandrijská s kotvou. Mezi nimi s paprsky monogram Panny Marie.
Vedle oltáře Panny Marie, uprostřed kostela najdeme oltář jejího snoubence svatého Josefa. Je vyobrazen, jak drží před sebou malého Ježíše, jako jeho šťastný pěstoun. Andělé nad oltářem drží tesařské pracovní náčiní, protože sv. Josef živil rodinu jako tesař. V monogramu s paprsky je vepsáno jméno Ježíš. Po stranách obrazu vidíme vpravo sochu anděla strážce, jak vede děvče a vlevo archanděla Rafaela, průvodce na cestách, jak vede chlapce. Na menším obrazu můžeme spatřit tři generace: malého Ježíše, jeho matku Marii a babičku sv. Annu. Vespod se nachází socha ležící sv. Rozalie z Palerma, poustevnice, velké pomocnice proti morové nákaze. Nad ní vlevo socha sv. Mořice, římského vojáka, mučedníka za víru a vpravo sv. Jakub, apoštol s poutnickou holí a mušlí, který nám říká, že jsme zde na zemi jen poutníci a jednou vše budeme muset opustit.
Oltář svatého Kříže se nachází vzadu v kostele. Socha Krista na kříži pochází asi z 16. století. Jeho rozpjaté paže jako by chtěly obejmout každého. Jeho pootevřená ústa se navzdory utrpení usmívají vstříc každému. Socha vlevo pod křížem znázorňuje Pannu Marii a vpravo apoštola Jana. Na obraze v pozadí vidíme vojáka. Ten, když viděl jak Ježíš umřel, zvolal: „To byl jistě Syn Boží.“ Dva obrazy vespod znázorňují duše v očistcových plamenech jak je andělé pozvedají a občerstvují Kristovou krví vylévanou z kalicha. Uprostřed později dodali sochu Panny Marie Lurdské a vedle oltáře sochu sv. Judy Tadeáše, apoštola, pomocníka v zoufalých situacích. Drží obraz Krista, který přinesl králi v Edesse v Řecku.
Oltáře po pravé straně kostela jsou zasvěceny světcům řádu františkánů, kteří vybudovali kostel. První oltář vzadu je věnovaný sv. Janu Kapistránu. Tento světec založil v Brně františkánský klášter a také zde vykonal mnoho divů (i vzkřísil mrtvého) proto zde byl velmi ctěn. Nad jeho obrazem je napsáno: „Věrný přítel je mocná záštita.“ Po pravé straně vidíme sochu sv. Bernardina Sienského s knihou, velkého kazatele a ctitele Nejsvětějšího Jména Ježíš. Po levé straně sv. Jana z Mathy, který založil řád s posláním vykupování otroků. Dole je umístěn obraz, ikona Panny Marie Matky ustavičné pomoci. Svým pohledem laskavě přijímá ty, kteří se k ní obracejí. Vlevo od oltáře je socha sv. Antonína.
Další oltář po pravé straně je zasvěcen sv. Antonínu z Padovy, oblíbenému františkánskému světci, pomocníku snoubenců, rodin, pří hledání ztracených věcí a v nouzi. Proslul jako kazatel a obránce chudých. Na obrazu naslouchá dítěti Ježíši. Vybízí nás, abychom také naslouchali svému svědomí. Po pravé straně je umístěna socha sv. Ludvíka. Měl se stát neapolským králem, ale vzdal se trůnu a stal se chudým františkánem. Po levé straně socha sv. Bonaventury, velkého středověkého filosofa a myslitele. Ve spodní části je umístěna skříňka se soškou Pražského Jezulátka. Papež Benedikt XVI. o něm řekl: „Jezulátko nám svou dětskou něhou zpřítomňuje Boží blízkost a lásku. Uvědomujeme si, jakou máme v jeho očích cenu, protože právě díky němu jsme se my sami stali Božími dětmi. Každá lidská bytost je Božím dítětem, a tedy naším bratrem, a jako takovou je třeba ji přijímat a vážit si jí.“
Oltář svatého Františka z Assisi, zakladatel řádu, je třetím oltářem vpravo. Svatý František je zobrazen, jak rozjímá nad knihou Písma svatého o Boží lásce. Když viděl nevděčnost lidí vůči Bohu, často opakoval: „Láska není milována!“ Po stranách oltáře jsou umístěny sochy svatých věrozvěstů Cyrila a Metoděje. Spodní menší obraz zpodobuje sv. Petra Juliána Eymarda, zakladatele řádu Eucharistiánů, kteří též působili v tomto kostele. Oválný obraz ve spodní části vlevo patří sv. Terezii Veliké, jejíž srdce bylo zraněné láskou k Bohu a vpravo sv. Markétě z Kortony, oplakávající své hříchy. Nahoře vpravo vidíme sochu sv. Kláry. Nad oltářem v paprscích je znamení stigmat, ran Kristových na rukou, nohou a v srdci, které obdržel sv. František.
Tři náhrobky, zazděné ve stěnách kostela patří Janu Ignáci Schwolerovi z Liechtenau (4. 3. 1664), hraběnce Františce Terezii z Lamberka (+ 14. 3. 1684) a Bedřichu z Lamberka (+ 28. 7. 1686). Všichni pravděpodobně obdarovali kostel a byli zde pohřbeni.